O segundo passo na maioria dos sistemas públicos de tratamento de águas residuais no qual as bactérias consomem a parte orgânica dos resíduos ao juntar resíduos, bactérias e oxigênio em filtros. Este tratamento remove sólidos flutuantes e fixos, e cerca de 90% da carência de oxigênio e sólidos suspensos. A desinfecção é a fase final do tratamento secundário.